Następnym krokiem było dokonanie agregacji wszystkich mających zastosowanie kryteriów biofizycznych. W tym celu wykorzystano sumę logiczną odpowiednich map wektorowych lub rastrowych. Suma logiczna została wybrana jako metoda eliminacji podwójnego zliczania obszarów związanego z faktem, że niektóre kryteria nakładają się przestrzennie.
Podstawową warstwą wydzieleń obszarów z ograniczeniami naturalnymi w Polsce była mapa glebowo-rolnicza w skali 1: 25 000. Kryteria glebowe (takie jak niekorzystna tekstura, gleby organiczne i inne) zostały określone dla obszarów użytków rolnych poprzez nadanie wartości 1 – spełnia kryterium, 0 – nie spełnia kryterium. Obszary poza użytkami rolnymi nie były brane pod uwagę w analizach. Inne kryteria (klimatyczne, spadki terenu) nie pochodzące z mapy glebowo-rolniczej zostały obliczone na obszarze całego kraju, jednak na etapie agregacji kryteriów były one dopisywane do warstwy określającej zasięgi UR, dlatego też zagregowana mapa kryteriów biofizycznych została wytworzona tylko do UR. Łączenie kryteriów odbywało się poprzez stosowanie sumy logicznej – jeżeli przynajmniej jedno z kryteriów posiadało wartość 1 (spełnia kryterium) nadawana była wartość 1 w przeciwnym wypadku 0, co zapobiega podwójnemu liczeniu kryteriów Zagregowana na użytkach rolnych warstwa kryteriów posłużyła do obliczenia udziałów procentowych w jednostkach administracyjnych oddzielnie dla gmin i obrębów ewidencyjnych. Jednostki o udziałach równych lub większych niż 60% były kwalifikowane jako spełniające kryteria obszarów gospodarowania ograniczeniami naturalnymi.