W Polsce wydzielenia obszarów z ograniczeniami naturalnymi dokonano na poziomie jednostek LAU 2 (gmina). W trakcie wyznaczania ONW okazało się, że cześć gmin w Polsce jest silnie zróżnicowana pod względem produktywności gleb – część gminy posiada dobre warunki, a inna część skrajnie niekorzystne. Dlatego też w celu włączenia do ONW terenów z bardzo niekorzystnymi warunkami do produkcji (ograniczeniami naturalnymi), dodatkowo w procesie delimitacji wykorzystano jednostki mniejsze niż gmina, tj. obręby ewidencyjne.
Oznacza to, iż wyznaczenie obszarów z ograniczeniami naturalnymi w oparciu o kryteria biofizyczne zostało dokonane dwuetapowo, na poziomie gmin (1 etap) oraz obrębów ewidencyjnych – w przypadku braku kwalifikacji gminy (2 etap).